Segundo estudos realizados por vários investigadores, a freguesia de Quelfes rondará o ano de 1614.

No entanto, o lugar de Quelfes é bem mais antigo, pois sabe-se que em 1518, quando o seu território fazia ainda parte da Paróquia de Santa Maria de Faro, já ali havia uma capela com seu o capelão privativo, sinal de que os moradores do lugar e vizinhanças eram já em número significativo.

Efectivamente, a incontestável influência gótica da porta lateral da igreja paroquial de Quelfes, que foi edificada sobre a anterior capela, parece significar que esta e consequentemente, o lugar são mesmo anteriores ao referido século XVI.

Quelfes desempenhou um papel importante no combate aos invasores franceses, ocorrendo na localidade, em 18 de Junho de 1808, um recontro violento, junto à Ponte Velha, entre os invasores e os portugueses, onde os franceses sofreram uma primeira grande derrota.